第一集中，變異人在X教授的指揮下，將邪惡的萬磁王打入冷宮，但是依然得不到社會的承認。在一次政治要人遭到暗殺后，所有的矛頭又一次指向變異人。這一次，X教授也感到壓力大增，以致于跟美國總統都要就此事進行磋商。一個擁有很高聲譽的前將軍，率領著反對變異人的聯盟連續對x教授施壓。萬磁王在這種情況下，不得不尋找與X教授聯手抵抗前將軍的方式。金鋼狼的身世也將在本集中進一步揭開。
鋼鐵俠托尼·斯塔克（小羅伯特·唐尼 Robert Downey Jr. 飾）在國會聽證上拒絕交出最新技術。與此同時，他發現胸口的微型電弧反應爐正迅速造成血液的鈀金屬中毒。沮喪的托尼將斯塔克公司的總裁職務交予了秘書波茲（格溫妮絲·帕特羅 Gwyneth Paltrow 飾），由她全權負責正在進行的紐約斯塔克博覽會。波茲從法律部門調來助理娜塔莉（斯佳麗·約翰遜 Scarlett Johansson 飾）照顧托尼。托尼在媒體前的高調亮相引起了其父當年同事的兒子，伊凡（米基·洛克 Mickey Rourke 飾）的不滿。為了實施報復，他子承父業，研制出了一套可與鋼鐵戰衣相媲美的裝備。伊凡的技術引起了托尼的競爭對手，軍火商賈斯丁·漢默（山姆·洛克威爾 Sam Rockwell 飾）的注意，他設法將伊凡劫持出獄，秘密研究取代鋼鐵俠。正當托尼苦于鈀金屬中毒造成的失意之時，他發現娜塔莉原來身負秘密使命，而自己的任性，也造成了與好友，空軍上校羅尼（唐·錢德爾 Don Cheadle 飾）的反目，眼看局勢就要失控……
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