集團勢力日益擴張，辣手猛將人才輩出，其中展翼（洪天照）更是屢立奇功深得老板器重，警花余風（范冰冰）亦險遭毒手。警方行動錯敗，各方壓力重重，飛龍唯有親自出馬直面毒梟，遇上展翼發覺意是好友之子，嚴詞訓斥繼面動武，展翼有口難言落敗而去。 人在世上都會有七情六欲，更何況是身處黑白兩道的邊緣人，最能體會情難自控的真實感受。毒梟與警方對峙呈白熱化，余風失手危在旦夕，臥底潛龍護花心切暴露身份，殺戮在所難免，結局誰能定？
上一部結尾，尼奧（基奴李維斯 飾）終于意識到自己的能力和使命，中彈復活后，變成了無所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凱莉·安·摩絲 飾），艦長墨菲斯（勞倫斯·菲什伯恩 飾）回到了人類的基地錫安，受到人們的熱烈歡迎。 此時，“母體”決定先下手為強，派出了兩萬五千只電子烏賊攻擊錫安基地；墨菲斯、尼奧和崔妮蒂則再次進入“母體”，尋找“制鑰者”，準備從內部破壞；而本該被尼奧消滅的特勤史密斯似乎出了點問題，脫離了“母體”的控制，擁有可怕的復制能力，阻礙尼奧他們的行動。
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